不動産M&Aのメリット・デメリットを徹底解説|売り手・買い手別の注意点
「不動産M&Aにはどんなメリットがある?」
「通常の不動産売買と比べると、どのような点に特徴があるのか知りたい」
不動産M&Aについてこのような疑問をお持ちの方もいると思います。
不動産M&Aには、通常の不動産売買とは異なる税制の適用や戦略的なメリットがある一方で、特有のリスクも伴います。
この記事では、不動産M&Aのメリットとデメリットを売り手側・買い手側それぞれの視点から詳しく解説します。
1.不動産M&Aとは

通常の不動産売買では不動産そのものが売買の対象となりますが、不動産M&Aでは「不動産を所有する会社」ごと譲渡します。
この手法の特徴は、売り手も買い手も税制面でのコスト軽減効果が受けられる点にあります。
ただし、売り手は会社全体を譲渡するため、買い手は不動産以外の資産や負債も引き継ぐことになり、デューデリジェンスが極めて重要です。
不動産M&Aの基本的な仕組みや手法について、さらに詳しく知りたい方はこちらの記事をご覧ください。
2.不動産M&Aにおける売り手側のメリット

不動産M&Aを活用する売り手側には、税制面を中心に大きなメリットがあります。
具体的には、以下のようなものが挙げられます。
- 節税効果が得られる
- 廃業・清算の手続きのコストを削減できる
- 現金化しやすい
- 資産整理を簡便化できる
- 雇用の維持が期待できる
順にご説明します。
(1)節税効果が得られる
不動産M&Aにおけるメリットは、節税効果が期待できる点です。
通常の不動産売買で法人が不動産を売却した場合、売却益に対して約30%前後の法人税などが課され、社長個人に資産を移転する際には、最大約55%の配当課税が課されます。
一方、不動産M&Aで株式譲渡を選択した場合、個人株主が受け取る譲渡益に対しては原則として20.315%の分離課税が適用されます。
この税率の差により、売り手は手取り額を増やすことが可能です。
さらに重要なのは、みなし配当課税を回避できる点といえます。
通常の不動産売却後に法人を清算し、株主が残余財産の配当を受ける場合、所得水準によっては最大で約55%前後の税率が適用されるケースがあります。
しかし、会社ごと譲渡することで、この課税を回避することができるため、トータルでの税負担を軽減することが可能です。
(2)廃業・清算の手続きのコストを削減できる
不動産M&Aでは会社を丸ごと譲渡するため、廃業にかかる費用や労力を削減することができます。
通常、会社を清算する場合には、設備の処分費用や清算結了による登記費用、事務手続きにかかる人件費など、様々なコストが発生します。
さらに、清算手続きには専門家への報酬も必要となり、総額で数百万円から数千万円規模の費用がかかることもあります。
これに対して不動産M&Aであれば、買い手が会社をすべて引き受けるため、これらの廃業コストを負担する必要がありません。
特に後継者不在で事業承継に悩んでいる中小企業オーナーにとって、廃業コストを削減できる点は大きな魅力です。
(3)現金化しやすい
不動産M&Aは、通常の不動産売買と比較して現金化のプロセスがスムーズです。
通常の不動産売買では、所有権移転登記、各種税金の納付、買主側の融資実行など、複数のステップを経る必要があります。
しかし、株式譲渡による不動産M&Aでは、株主名簿の書き換えなど、比較的簡易な手続きで譲渡が完了するため、取引完了から入金までのタイムラグが短くなります。
ただし、M&A全体のプロセスとしては、デューデリジェンスや契約交渉に時間がかかるため、成約まで3~6か月程度を要する点には注意が必要です。
それでも、成約後の現金化は迅速に行うことができるため、資金計画が立てやすいというメリットがあります。
(4)資産整理を簡便化できる
不動産M&Aでは、複数の不動産をまとめて譲渡することもできるため、資産整理を効率的に進めることが可能です。
複数の物件を個別に売却する場合、それぞれの物件について買主を探し、契約交渉を行い、登記手続きを進めるなど、複雑なステップが存在します。
しかし、不動産M&Aであれば、会社が所有するすべての不動産を一括して譲渡することができます。
特に資産管理会社を設立して複数の不動産を保有している場合、会社ごと譲渡することで手続きを大幅に簡素化することができるのが魅力です。
また、不動産以外の資産(預金、有価証券、設備など)も一括して買い手側に引き継ぐことができるため、資産の整理・処分にかかる時間と労力を削減できるでしょう。
(5)雇用の維持が期待できる
不動産M&Aでは買い手が事業を継続する方針であれば、従業員の雇用が維持される可能性が高まります。
通常の不動産売買を行った後に廃業する場合、従業員を解雇せざるを得ず、退職金の支払いや再就職支援などの負担が発生します。
また、従業員への責任から生じるプレッシャーなども大きいものです。
一方、不動産M&Aによって事業が継続されれば、従業員は新しいオーナーのもとで雇用を継続できるため、長年勤務してきた従業員の未来についても責任を果たすことができます。
3.不動産M&Aにおける売り手側のデメリット

不動産M&Aには大きなメリットがある一方で、売り手側が注意すべきデメリットも存在します。
具体的には、以下のような点です。
- デューデリジェンスに時間・コストがかかる
- 想定より低い評価での買収提案を受ける場合がある
- 税法スキームの誤用による課税リスクがある
- 譲渡後に表明保証違反などの補償リスクが残る
特に時間とコストの負担、そして税務リスクについては事前に十分な理解が必要といえます。
(1)デューデリジェンスに時間・コストがかかる
不動産M&Aでは、買い手側による徹底したデューデリジェンスが実施されるため、多くの時間と労力が必要です。
デューデリジェンスとは、買収対象法人の財務状況、法務状況、不動産の実態などを詳細に調査するプロセスを指します。
デューデリジェンスに際して、売り手は財務諸表や契約書、不動産関連書類、従業員情報などの資料を準備しなければなりません。
この資料準備には、経理担当者や顧問税理士の協力が不可欠となり、社内の業務負担が増加する可能性があることに注意が必要です。
また、デューデリジェンスの過程で、簿外債務や不動産の瑕疵などが発覚すると、買収価格の減額交渉につながることもあります。
さらに、M&A全体のプロセスは通常3~6か月程度を要するため、通常の不動産売買と比べて時間がかかります。
この長期化により、市場環境の変化のリスクが高まることもデメリットとして覚えておきましょう。
(2)想定より低い評価での買収提案を受ける場合がある
デューデリジェンスの結果次第では、当初の期待よりも低い評価額を提示される可能性があります。
買い手側の調査によって、簿外債務や不動産に修繕が必要な箇所が見つかったり、契約上のリスクなどが明らかになったりすると、当然ながらこれがマイナス評価になるためです。
例えば、建物の老朽化が予想以上に進んでいた場合、将来の修繕費用が買収価格から差し引かれることもあります。
また、事業継続を目指す際に、過去数年間の赤字決算、税務申告の不備、社会保険料の未納、労務管理の問題(未払い残業代など)が発覚した場合も、減額要因となる可能性があります。
これを防ぐためには事前に自社の価値を把握し、デューデリジェンスで指摘されそうなポイントを洗い出しておくことが重要です。
(3)税法スキームの誤用による課税リスクがある
不動産M&Aの節税効果は魅力ですが、租税回避とみなされてしまい、否認されるリスクがあることも忘れてはいけません。
基本的に税務署は「書類上の形」ではなく、実際の取引の内容を見て課税について判断します。
また、株式譲渡前に会社分割を活用するときは、「組織再編税制の適格要件」を満たすかどうかも重要です。
この要件を満たさない「非適格分割」になると、税金の負担が重くなることがあります。
税法を正しく理解せず不動産M&Aを実施するのは却ってリスクになることもあるため、専門家のアドバイスを受けながら判断していく必要があります。
(4)譲渡後に表明保証違反などの補償リスクが残る
不動産M&Aでは、株式を譲渡した後も、売り手が一定期間のリスクを負うケースが一般的です。
M&Aの契約では「表明保証(財務内容や不動産に隠れた瑕疵がないことを売り手が保証する条項)」を盛り込むことがほとんどです。
もし譲渡後に、事前の説明と異なる簿外債務や重大な瑕疵が見つかった場合、売り手は買い手から損害賠償を請求される可能性があります。
不動産M&Aを検討する際は、将来にわたっての補償リスクを考慮して総合的に判断することが重要です。
4.不動産M&Aにおける買い手側のメリット

買い手側にとっては、不動産M&Aは通常の不動産売買では得られない戦略的メリットがあります。
主なものとしては、以下のものが挙げられます。
- 税務・取得関連コストを軽減することができる
- 市場に出回りにくい資産を取得できる可能性がある
- 既存の契約・許認可・顧客基盤を承継できる
- 既存の法人を活用した資金調達・節税効果が期待できる
税制優遇だけでなく、希少物件の取得や事業基盤の承継など、多角的な利点が期待できるでしょう。
(1)税務・取得関連コストを軽減することができる
不動産M&Aにおける買い手側の最も大きなメリットは、不動産取得に関連する税金やコストを大幅に削減できる点です。
通常の不動産売買では、不動産登記の名義変更に伴う登録免許税(固定資産税評価額の2%)のほか、不動産取得税(原則4%、住宅用は3%)が課されます。
しかし、株式譲渡による不動産M&Aでは、不動産の所有権移転が発生しないため、これらの税金が原則として課されません。
例えば、固定資産税評価額10億円の不動産を取得する場合、通常の売買では登録免許税2,000万円、不動産取得税4,000万円、合計6,000万円の税金が必要です。
なお、土地や住宅用家屋については、税率の軽減特例や課税標準の特例が適用される場合があり、実際の税負担は物件の内容や取得時期の税制によって変動します。
一方、株式譲渡であれば、これらの税金負担がゼロとなるため、大きなコスト削減効果が得られます。
また、司法書士への報酬など、不動産登記に関連する費用も不要です。
ただし、会社分割+株式譲渡スキームを採用する場合、適格要件を満たさなければ不動産取得税が課される可能性があるため、譲渡方法の選択には注意が必要です。
(2)市場に出回りにくい資産を取得できる可能性がある
不動産M&Aでは、通常の不動産市場では入手することが困難な優良物件を取得できる可能性があります。
自社ビルや事業用不動産など、法人が事業運営のために保有している物件は、通常の不動産売買市場には出回らないことがほとんどです。
しかし、不動産M&Aによって会社ごと買収すれば、これらの希少物件を取得することができます。
特に立地条件の良いオフィスビルや歴史的価値のある建物、特殊な用途に適した物件などは、市場に出る機会が少ないでしょう。
また、不動産M&Aを検討している会社自体が少ないため、競合が少なく、交渉を有利に進めやすい環境があります。
通常の不動産売買では複数の買主候補が競合し、価格が釣り上がることが多いですが、不動産M&Aではこのようなオークション状態になりにくいというメリットがあります。
(3)既存の契約・許認可・顧客基盤を承継できる
買い手は会社全体を取得するため、既存の契約関係や許認可、顧客基盤をそのまま引き継ぐことができます。
賃貸物件を取得する場合、既存のテナントとの賃貸借契約がそのまま継続されるため、安定した賃料収入を即座に確保することが可能です。
通常の不動産売買では、賃貸借契約の引き継ぎに関する手続きやテナントへの説明・承諾取得などが必要ですが、株式譲渡ではこれらの手続きが不要となります。
また、不動産管理業や建設業などの許認可も、会社ごと取得すればそのまま承継することができます。
例えば、宅地建物取引業の免許は取得に時間がかかり、実務経験者の配置も必要ですが、免許を持つ会社を買収すれば即座に事業を開始できるのがメリットです。
さらに、既存の顧客基盤やビジネスネットワークも引き継ぐことができるため、事業拡大のスピードを加速することができるでしょう。
(4)既存の法人を活用した資金調達・節税効果が期待できる
買収した法人をそのまま活用することで、将来的な資金調達や節税効果が期待できます。
金融機関からの融資を受ける際、既存の法人であれば事業実績や信用履歴があるため、新規法人よりも有利な条件で借り入れができる可能性が高まるでしょう。
また、買収した会社が繰越欠損金を保有している場合、一定の条件下でこれを活用し、将来の課税所得を圧縮することができます。
ただし、繰越欠損金の引き継ぎには厳格な要件があり、事業継続要件や持分要件を満たさなければ、繰越欠損金が切り捨てられる点には注意が必要です。
さらに、既存の法人格を維持することで、取引先や金融機関との関係を継続することができ、事業のスムーズな運営が可能になります。
不動産投資法人として活用する場合、既存の運営体制やノウハウを引き継ぐことができるため、投資効率の向上も期待できるでしょう。
5.不動産M&Aにおける買い手側のデメリット

買い手側にとって、不動産M&Aは大きなメリットがある一方で、特有のリスクとコスト負担が伴います。
特に、会社全体を取得することで生じる潜在的なリスクには十分な注意が必要です。
- 簿外債務や訴訟リスクを引き継ぐ可能性がある
- デューデリジェンスの負担が大きい
- 既存契約・従業員関係の維持が難しい。また、整理する場合にコストがかかる
- 統合後の運営リスクを抱える
順にご説明します。
(1)簿外債務や訴訟リスクを引き継ぐ可能性がある
不動産M&Aにおける最大のリスクは、簿外債務や将来の訴訟リスクを引き継ぐ可能性がある点です。
簿外債務とは、貸借対照表に記載されていない隠れた債務のことで、退職給付債務、未払い残業代、税務上の追徴課税リスクなどが該当します。
特に売り手が中小企業の場合には、会計処理が適切に行われていないケースも見られ、デューデリジェンスで発見できない債務が後から判明することがあるでしょう。
また、不動産に関連する訴訟リスクも重要です。
具体的には、境界紛争や騒音トラブル、契約違反による損害賠償請求など、買収時点では顕在化していないリスクが買収後に表面化する可能性があります。
これらのリスクを完全に排除することは困難であり、表明保証条項や補償条項を契約に盛り込むなど、リスクヘッジの仕組みが不可欠です。
売り手側の協力が得られない場合、これらのリスクをすべて買い手が負担することになるため、慎重な判断が求められます。
(2)デューデリジェンスの負担が大きい
不動産M&Aでは、買い手側が徹底したデューデリジェンスを実施する必要があり、その費用と時間の負担は非常に大きいです。
デューデリジェンスには、法務、財務、税務、物件調査、技術調査など、多岐にわたる専門的な調査が含まれます。
そのため、弁護士や公認会計士、不動産鑑定士、建築士など、各分野の専門家を起用する必要があり、その報酬は数百万円から数千万円規模になることも珍しくありません。
また、調査期間は通常2〜3か月程度を要し、この間に社内リソースも投入しなければなりません。
特に不動産特有のリスクとして、未登記建物の有無、建築基準法違反、アスベストや土壌汚染の問題、修繕履歴や将来の修繕計画などを詳細に調査する必要があります。
これらの調査を怠ると、買収後に予想外の損失が発生するリスクが高まるため、デューデリジェンスは必要不可欠といえます。
(3)既存契約・従業員関係の維持が難しい。また、整理する場合にコストがかかる
会社全体を取得することで、不要な契約関係や従業員関係の整理が必要になる場合があり、追加コストが発生します。
例えば、不動産管理に関係のない事業契約やリース契約、保険契約などが残っている場合、これらを解約または引き継ぐ手続きが必要です。
契約解除には違約金が発生することもあり、予想外のコスト負担につながるでしょう。
また、従業員の処遇も重要な課題です。
買収後に人員整理を行う場合、退職金の支払いや労働組合との交渉、退職勧奨の手続きなど、相当な時間とコストがかかります。
特に長年勤務している従業員が多い場合、退職金の総額が高額になる可能性もあります。
一方、従業員を引き続き雇用する場合でも、給与体系や福利厚生制度の統合、社内規程の整備など、人事労務面での統合作業が必要です。
(4)統合後の運営リスクを抱える
M&A成約後の統合プロセス(PMI:Post Merger Integration)において、様々な運営リスクが生じる可能性があることにも注意しましょう。
組織文化の違いから、従業員のモチベーション低下や離職が発生するリスクがあります。
特に経営方針や業務プロセスが大きく変わる場合、既存従業員の反発を招き、うまく業務が回らないような事態が起こりかねません。
また、システムの統合も大きな課題です。
例えば、会計システムや顧客管理システム、不動産管理システムなどを統合する場合、システム移行にかかる費用と時間は相当なものになります。
システム移行に失敗すると、業務が停滞し、顧客サービスの低下などの問題が起こりかねません。
さらに、買収した会社の経営状態が悪化している場合、立て直しに時間とコストがかかります。
このため、買収前の事業計画と実際の運営状況にギャップが生じ、期待したリターンが得られないリスクも考慮する必要があります。
統合後の運営を成功させるためには、詳細なPMI計画の策定と、経験豊富な専門家のサポートが不可欠です。
6.不動産M&Aのメリットを最大化するポイント

不動産M&Aのメリットを最大限に活かし、リスクを最小化するためには、戦略的なアプローチが必要です。
特に事前準備と専門家との協業がポイントとなります。
具体的には、以下の点を押さえておきましょう。
- 買主が事前のデューデリジェンスを徹底できるようにする
- 最適な譲渡の方法を選択する
- 信頼できる専門家を選定する
順にご説明します。
(1)買主が事前のデューデリジェンスを徹底できるようにする
不動産M&Aの成否を分ける最も重要な要素は、デューデリジェンスの徹底です。
買い手側は、法務、財務、税務、物件調査、技術調査の五つの分野について、専門家を起用して詳細な調査を実施します。
法務デューデリジェンスでは、所有権や登記情報、地役権・借地借家権などの使用制限、賃貸借契約の内容(特に定期借家契約、サブリース契約など)、過去の訴訟・紛争履歴を確認します。
建築確認済証や検査済証の有無も重要なチェックポイントです。
財務デューデリジェンスでは、稼働率や賃料収入の推移、将来のキャッシュフロー予測、簿外債務の有無を精査します。
過去3~5年分の財務諸表を分析し、収益性の変動要因を把握することが重要です。
物件・技術デューデリジェンスでは、耐震基準の適合性、設備の老朽化状況、アスベストや土壌汚染の有無、違法増築や未登記建物の確認を行います。
将来の修繕計画と必要費用の見積もりも、買収判断の重要な材料です。
また、許認可の承継可能性も確認が必要です。
宅地建物取引業の免許、管理業者登録、PM契約(プロパティマネジメント契約)の承継条件、サブリース契約の解約条件などを事前に確認し、買収後に事業が継続できるかを見極めます。
(2)最適な譲渡の方法を選択する
以下の比較表を参考に、自社の状況に最適な譲渡の方法を選択しましょう。
| 項目 | 株式譲渡 | 会社分割+株式譲渡 |
| 手続きの複雑さ | 比較的シンプル | 複雑(組織再編手続きが必要) |
| 承継される資産・負債 | すべての資産・負債を引き継ぐ | 必要な不動産のみを切り出せる |
| 契約・許認可の承継 | 既存の契約関係や許認可をそのまま承継可能 | 契約の承継には個別対応が必要な場合あり |
| 税制面(適格要件を満たす場合) | 登録免許税・不動産取得税が原則課されない | 不動産取得税は非課税だが、登録免許税(0.4%)は課税される |
| 税制面(適格要件を満たさない場合) | ― | 法人税など約30%前後、最大約55%の所得税などが課される可能性あり |
| 不動産取得税 | 原則課されない | 原則課税(特例措置による非課税あり) |
| リスク管理 | 簿外債務などすべてのリスクを引き継ぐため、徹底したデューデリジェンスが必要 | 不要な資産・負債を避けられるため、リスクを限定できる |
| 取引スピード | 比較的早い | 組織再編手続きのため時間がかかる |
| 適しているケース | ・会社全体を譲渡したい ・既存の契約・許認可をそのまま承継させたい ・取引を早く完了させたい |
・特定の不動産のみを譲渡したい ・簿外債務などのリスクが低い ・複数物件から不要な物件だけを選びたい |
譲渡方法の選択に際しては、譲渡したい不動産の種類、会社の財務状況、税務リスク、取引スピードなどを総合的に考慮します。
特に会社分割を選択する場合は、適格要件を満たすかどうかが税負担に大きく影響するため、税務面での慎重な検討が不可欠です。
(3)買主が信頼できる専門家を選定する
不動産M&Aの成功には、経験豊富な専門家を選定することが欠かせません。
これにより、交渉のサポート、契約書の作成からクロージングまで、一連のプロセスについて支援を受けることができます。
また、そのほかの専門家からも必要に応じてアドバイスやサポートを受けることが重要です。
| 専門家 | 主な役割・依頼内容 |
| 弁護士 | ・契約書のリーガルチェック ・表明保証条項の設定 ・法務デューデリジェンス ・訴訟リスクの評価 ・株主総会の手続き支援 |
| 公認会計士 | ・財務デューデリジェンス ・企業価値評価(バリュエーション) ・簿外債務の調査 ・財務諸表の分析 |
| 税理士 | ・税務リスクの評価 ・最適な譲渡方法の設計 ・税務デューデリジェンス ・節税効果のシミュレーション ・税務申告のサポート |
| 不動産鑑定士 | ・物件の適正価格の算定 ・不動産価値の評価 ・市場動向の分析 ・収益還元法による評価 |
| 建築士・技術専門家 | ・建物の遵法性リスクの確認 ・建物の耐震性・構造調査 ・修繕履歴の確認 ・将来の修繕計画と費用見積もり ・アスベスト・土壌汚染の調査 |
信頼できる専門家チームの構築が、不動産M&Aのメリットを最大化し、リスクを最小化する最も確実な方法といえるでしょう。
まとめ
不動産M&Aは、税制面での大きなメリットがある一方で、特有のリスクも伴う手法です。
売り手側にとっては、株式譲渡による節税効果や廃業コストの削減などが主なメリットとなります。
一方、買い手側は、登録免許税や不動産取得税の軽減、市場に出回らない優良物件の取得、既存の契約・許認可・顧客基盤の承継がメリットです。
ただし、税制メリットについては否認リスクがあることや、そのほかのリスクがあることも忘れてはいけません。
こうした不動産M&Aのメリットを最大化するためには、買主による徹底したデューデリジェンス、最適な譲渡方法の選択、信頼できる専門家への相談が不可欠です。
信頼できることはもちろん、実績豊富な専門家を選び、協力してメリットを享受できるようプロジェクトを進めていきましょう。
監修者
稲葉 孝史
税理士
株式会社シルスフィア会計事務所 代表取締役。シルスフィア税理士事務所 代表税理士。
中小企業の会計税務業務に加え、SPCを利用した不動産証券化や事業再生などの特殊業務に従事している。過去には、不動産証券化協会(ARES)認定マスター制度の資格試験において、テキスト執筆や講師、試験問題作成委員などを担当した経歴を持ち、不動産証券化分野で豊富なノウハウと実績を有する。
株式会社シルスフィア会計事務所 代表取締役。シルスフィア税理士事務所 代表税理士。
中小企業の会計税務業務に加え、SPCを利用した不動産証券化や事業再生などの特殊業務に従事している。過去には、不動産証券化協会(ARES)認定マスター制度の資格試験において、テキスト執筆や講師、試験問題作成委員などを担当した経歴を持ち、不動産証券化分野で豊富なノウハウと実績を有する。
